Em 1684, as Freiras Franciscanas de Nossa Senhora da Conceição foram alojadas numa casa junto da Igreja de Nossa Senhora dos Pobres. Por volta de 1693, ocupavam já um conjunto de casas anexas à Igreja do Espírito Santo, obtendo reconhecimento Papal em 1711. Nos finais do século XVIII, conseguiram realizar melhoramentos no edifício, construindo-se então o claustro. Depois da extinção das ordens religiosas, instalaram-se no antigo convento diversas repartições públicas. Em 2010, a remodelação da rede de esgotos que atravessa o claustro pôs a descoberto uma série de vestígios das anteriores ocupações do sítio. Destacam-se os enterramentos de duas freiras, cujos resultados do estudo da antropologia biológica foram apresentados nesta conferência.